Debido a su ideología pro saharaui, ha sido perseguida y reprimida por los poderes públicos marroquíes en numerosas ocasiones. En 1987, con 21 años, formó parte de una manifestación pacífica formada por 700 participantes que exigían el referéndum de independencia del Sahara frente a Marruecos. Tras estas actividades fue presa sin cargos ni juicio en las conocidas como "cárceles secretas" durante 4 años.[3] Allí, sufrió torturas junto a otras 9 mujeres y 50 hombres, saharauis presos.[4]
En 2005 fue condenada por la justicia marroquí a la estancia de 7 meses en el centro penitenciario conocido como "Prisión Negra" de El Aaiún. El proceso del juicio debido a irregularidades, fue denunciado por un observador enviado al efecto por Amnistía Internacional. Dicha organización ha calificado que Haidar se trata de una preso de conciencia. También miembros del Parlamento Europeo emprendieron una campaña internacional por la liberación de Aminetu Haidar, la cual se exigió formalmente mediante resolución de dicho parlamento. Tras más de un mes en prisión, fue liberada en enero de 2006. Su puesta en libertad reavivó las revindicaciones de independencia de los saharauis, que se manifestaron en forma de manifestaciones en las calles de El Aaiún y protestas de los estudiantes saharauis de la Universidad de Marrakech.
Tras la gran dimensión mediática de su irregular aprisionamiento, y el importante apoyo que obtuvo por asociaciones y políticos occidentales lograron la expatriación de Haidar con el fin de erigirse en embajadora itinerante de la República Árabe Saharaui Democrática en contacto con gobiernos extranjeros y asociaciones pro saharauis.
En agosto de 2006 Marruecos le denegó el pasaporte y el derecho de expatriación de sus dos hijos como medida de presión